1、上市条件不同：基础层：申请挂牌在新三板上市的全国性中小型科技类公司。创新层：最近两年净资产≥1000万，最近两年加权平均净资产收益率≥8%，同时满足融资金额累计≥1000万元。精选层：市值≥2亿元，最近2年净利润均≥1500万元且加权平均净资产收益率≥8%，同时满足最近一年期末净资产≥5000万等。2、交易权限不同：参与基础层、创新层、精选层的股票需要分别满足前十个交易日日均资产：200万、150万、100万。3、涨跌幅限制不同：新三板上市首日没有限涨跌幅限制，从次日起：新精选层涨跌幅的限制为30%；创新层涨跌幅的限制为50%；基础层集合竞价层涨跌幅的限制为100%；在新三板挂牌终止后也无涨跌幅限制。