对比主板、中小板及创业板，企业申请在新三板挂牌转让的费用要低得多。目前费用一般在100－150万元左右（依据项目具体情况和主办券商的不同而上下浮动），在新三板市场挂牌后运作成本每年不到3万元。依据《中关村国家自主创新示范区支持企业改制上市资助资金管理办法》，企业可申请改制资助，每家企业支持20万元，企业进入股份报价转让系统挂牌的可获得50万元资金支持。主办券商推荐的园区企业取得《中国证券业协会挂牌报价文件备案确认函》后，每家券商可获得20万元资金支持。目前，新三板即将扩大试点范围，很多国家级园区都向证监会申报申请成为新三板试点园区，并出台了对区内企业在新三板挂牌的鼓励和资金支持政策。

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